美國DanielMaluf等通過肝硬化組織（非HCC）表觀遺傳學(xué)，基因表達和蛋白質(zhì)組學(xué)的整合研究方法對與肝硬化組織發(fā)生相關(guān)的早期事件進行了研究。
 

    該研究對76份肝組織活檢標本進行了檢測，包括正常組（n=20）、丙肝肝硬化不伴肝癌組（wo肝細胞肝癌=16）和伴肝癌組（w肝細胞肝癌=20）、肝癌組（腫瘤組織n=20）以及20份血漿標本（wo肝細胞肝癌=10,w肝細胞肝癌=10）。研究者提取了標本DNA和總RNA,分別用于IlluminaGoldenGateMethylationBeadArrayCancerPanelI和基因表達微陣列雜交；通過LC-MS/MS進行蛋白質(zhì)組學(xué)分析；采用兩樣本t檢驗分析基因表達和甲基化的比較（w肝細胞肝癌與wo肝細胞肝癌）；通過使用控制FDR<0.2的q值方法計算錯誤發(fā)現(xiàn)率來調(diào)整P值進行多重比較，P<0.01為有統(tǒng)計學(xué)意義；使用Spearman秩相關(guān)進行甲基化/基因表達的比較；使用IPA工具進行本體論和通路分析。

    研究發(fā)現(xiàn)各組間人口統(tǒng)計學(xué)和臨床參數(shù)無顯著性差異。通過對正常、丙肝肝硬化以及肝細胞肝癌標本分析，研究者共鑒定出501個CpG位點甲基化有顯著差異（235個高甲基化，266個低甲基化）。抑癌基因啟動子區(qū)域的30個高甲基化CpG位點與肝細胞肝癌發(fā)生相關(guān)。甲基化水平最高的10個基因中，ESR1、MFAP4和HOXB13差異最顯著。ESR1基因的甲基化百分比與基因表達水平（-0.50）的負相關(guān)性最強。參與肝細胞肝癌發(fā)生的幾個基因DNA甲基化和表達率（CDNK2A、FLT1、HGF、HPSE、MGMT、PDGFRB和PYC**）也有顯著負相關(guān)趨勢，表明在丙肝肝硬化伴發(fā)肝癌中下調(diào)。通路和表達趨勢分析顯示這些基因與癌癥和惡性腫瘤的發(fā)生、肝排毒、肝纖維化/瘢痕修復(fù)有關(guān)。蛋白質(zhì)組學(xué)整合分析發(fā)現(xiàn)，ESR1是調(diào)節(jié)肝細胞肝癌相關(guān)血漿蛋白顯著性差異化表達的最強信號分子。標志物使用methyLight檢測進行驗證。

    該研究表明，表觀遺傳/轉(zhuǎn)錄組/蛋白質(zhì)組的整合數(shù)據(jù)可提供影響丙型肝炎肝硬化組織發(fā)生肝細胞肝癌的關(guān)鍵分子通路。此外，不同的DNA甲基化模式可作為監(jiān)測高風(fēng)險丙型肝炎肝硬化患者發(fā)生肝癌的潛在生物標志物。T1期肝細胞肝癌腫瘤生長至T2期，